Tidak hanya terdapat kecacatan formil dalam penyusunan RUU KPK ini, namun juga terdapat beberapa poin baru yang jelas-jelas akan melemahkan posisi KPK sebagai Lembaga Negara yang Independen dan sesuai dengan semangat reformasi. Setidaknya ada beberapa poin yang menjadi sumber kemarahan masyarakat,

– Pertama, KPK akan ditarik menjadi bagian dari cabang kekuasaan eksekutif atau pemerintahan. Ini jelas logika hukum ketatanegaraan yang usang dan tidak sejalan dengan semangat demokrasi. Sebab KPK sejatinya bukanlah bagian dari cabang kekuasaan eksekutif, legislatif maupun yudikatif (trias politica). KPK adalah lembaga negara independen (auxiliary state’s organ) yang bebas dari pengaruh kepentingan dari cabang kekuasaan manapun.